Os militares estão distantes da política desde o final da ditadura, mas no novo governo de Jair Bolsonaro terão papel fundamental. Além do vice-presidente, general Hamilton Mourão, até o momento cinco militares foram escalados para ocupar Ministérios em setores chave do futuro governo.

O general da reserva Augusto Heleno deverá orientar o braço de segurança do governo, assumindo o Gabinete de Segurança Institucional (GSI), que além de zelar pela segurança pessoal do presidente pretende fortalecer a Agência Brasileira de Inteligência (ABIN), responsável por análises estratégicas e informações relativas à segurança do Estado, relações exteriores e defesa externa. Além de comandante militar, com sólida carreira no Exército, general Heleno chefiou a paste de Ciência e Tecnologia e missões de paz da ONU no Haiti, entre junho de 2004 e setembro de 2005.

O ex-chefe do Estado Maior general Fernando Azevedo e Silva, atualmente assessor do presidente do Supremo Tribunal Federal (STF) Dias Toffoli, por sugestão do comandante do Exército general Eduardo Villas Boas, foi nomeado para o Ministério da Defesa. Fernando Azevedo e Silva não possui experiência jurídica, mas ajudou na formulação de propostas para a campanha e conhece Bolsonaro de longa data. Foi escolhido para o Ministério da Defesa devido ao seu trânsito entre os três poderes da República, uma vez que já ocupou cargos no Executivo e nas Forças Armadas. Quem irá substituí-lo como assessor de Toffoli no STF é o general da reserva Ajax Porto, também indicado pelo general Villas Boas.

A área de articulação política será comandada por Onyx Lorenzoni, como Ministro da Casa Civil, mas terá o general da reserva Carlos Alberto dos Santos Cruz na Secretaria de Governo, que apesar do nome de secretaria tem status de Ministério. O cargo exige bom trânsito junto a parlamentares e capacidade de articulações do governo com o Congresso. A princípio, a Secretaria de Governo seria suprimida, com a permanência do cargo e a nova indicação os poderes de Onyx Lorenzoni na articulação tendem a ser reduzidos. Bolsonaro garante que o principal responsável pela articulação do governo com o Congresso será o Ministério da Casa Civil e que a Secretaria de Governo, além da articulação política, será responsável por cuidar da agenda presidencial

Carlos Alberto dos Santos Cruz já havia sido cotado para integrar o Ministério da Justiça de Sérgio Moro e até agora vinha atuando como um dos conselheiros de Bolsonaro na transição. É um dos nomes do governo atual a ser absorvido no novo governo, tendo chefiado a Secretaria Nacional de Segurança Pública durante parte da gestão Temer. Comandou as missões de paz da ONU no Haiti (2007 a 2009) e na República Democrática do Congo (2013 a 2015) e foi consultor da Organização das Nações Unidas (ONU) em razão de sua participação nas missões de paz. Liderou missões internacionais da embaixada do Brasil em Moscou, na Rússia, entre 2001 e 2002 e atuou como conselheiro do Banco Mundial para o Relatório de Desenvolvimento Mundial de 2011.

Outros ministérios a serem ocupados por militares é o de Ciência e Tecnologia e o da Infraestrutura. O da Ciência e Tecnologia terá como comandante o tenente-coronel e astronauta Marcos Pontes, cotado anteriormente como vice na chapa de Bolsonaro. Pontes não tem qualquer experiência política ou administrativa e deve enfrentar desafios complexos frente à restrição orçamentária para os programas de pasta.

Para o Ministério da Infraestrutura, que ficará com a estrutura do atual Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil, Bolsonaro nomeou Tarcísio Gomes de Freitas, que iniciou a carreira no Exército, foi chefe da seção técnica da Companhia de Engenharia do Brasil na Missão das Nações Unidas para a Estabilização do Haiti, coordenador-geral de Auditoria da Área de Transportes da Controladoria-Geral da União (CGU) e ex-diretor do Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (Dnit).

Além de comandar um terço dos quinze ministérios previstos, os militares devem ocupar também posições importantes do segundo escalão do novo governo. Para a Secretaria Geral da Presidência, que será chefiada por dois braços direitos de Bolsonaro durante a campanha, o ex-presidente do PSL, Gustavo Bebianno, o general da reserva Floriano Peixoto Vieira Neto, foi nomeado como responsável pelos contratos de publicidades, considerada posição estratégica no governo federal.