A crise pela qual a Fundação Nacional do Índio (Funai) passa é resultado do desmonte causado pelo governo golpista, que contingenciou o orçamento do órgão e o loteou politicamente. Tal sucateamento é escancarado em meio ao acirramento dos conflitos e dos ataques promovidos por ruralistas em territórios indígenas, como no recente episódio com índios do Povoado das Bahias, no Maranhão, onde cinco foram baleados e dois tiveram as mãos decepadas.

Para garantir votos no Congresso Nacional, o governo golpista loteou cargos e cedeu ao Partido Social Cristão (PSC), apoiador do golpe, o controle da Funai. No dia 5,  o então presidente Antônio Costa foi demitido e alegou que a exoneração foi retaliação por não ter aceitado a indicação de vinte apadrinhados políticos do líder do governo na Câmara dos Deputados, André Moura (PSC-SE). Costa afirmou que os indicados não têm nenhum compromisso com as causas indígenas e que a Funai vive uma ditadura nas mãos do governo e seu ministro da Justiça, Osmar Serraglio (PMDB-PR), representante dos ruralistas.

Para substituir Antônio Costa, Temer nomeou para a presidência interina outro indicado pelo PSC, o general Franklimberg de Freitas, que já exercia o cargo de diretor na instituição. No ano passado, Temer chegou a indicá-lo, mas voltou atrás após protestos de indígenas contra a nomeação.

Com o corte de gastos promovido pelo governo golpista, a Funai passou por um contingenciamento de cerca de 44% em relação ao seu orçamento anterior. O resultado é o fechamento de bases em territórios indígenas e a ausência de recursos para garantir apoio e proteção a eles. Em meio à crise, o ex-presidente Antonio Costa chegou a afirmar que o órgão não tinha condições de analisar todos os pedidos de demarcação de terra por falta de orçamento e de mão-de-obra. Em março desse ano, o Ministro da Justiça extinguiu 347 cargos do órgão.